Bár a pápa New York-i beszédében bírálta az egyéni bibliaértelmezéseket, az
elmúlt több mint ezerötszáz évben a római katolikus teológiai hagyományba olyan
felfogások, egyéni értelmezések is szervesen beépültek, amelyek a keresztény
egyház legkorábbi idejétõl fogva erõteljesen vitatottak voltak, és számos
egyházszakadáshoz is vezettek.
Már az apostolok utáni 2-3. generációban megjelentek olyan nézetek, amelyek a
tizenkét apostol és Pál eredeti zsidó-keresztény tanításaival máig nem
harmonizálhatóak megnyugtatóan. Jusztinosz már a 2. században megfogalmazza
például azt a felfogást, amely szerint Isten a zsidó népet véglegesen elvetette,
és helyére az egyházat állította (szuperszesszacionizmus). Ez a tanítás
ellentétben áll mind az Ó-, mind az Újszövetség tanításával, mégis maradandóan
beépült a katolikus teológiai hagyományba. Valamivel késõbb Órigenész azzal
igyekszik e nézetet alátámasztani, hogy a korábbi felfogástól eltérõen az
ószövetségi próféciák szó szerinti értelmezését megtagadja, és csak allegorikus
magyarázatukat fogadja el (mivel a zsidó nép végleges elvettetése csak így
magyarázható bele a szövegbe). Tanítása nyomán évszázados vita tör ki az
óegyházban („órigenista viták”), saját püspöke érvényteleníti Órigenész
ordinációját; de végül Augustinus igyekszik integrálni az ellentétes nézeteket,
s ezzel máig hatóan bebetonozza a katolikus tradícióba Izrael végleges
elvettetésének képzetét és az allegorikus értelmezést.
Hasonló vita tárgyát képezte, hogy az Ószövetség hiteles szövege és kánonja az
egyházatyák által használt Szeptuaginta (az i. e. 2. században készült görög
fordítás) vagy pedig a zsidóság által hivatalosan elfogadott héber szöveg és
kánon. A kettõ helyenként jelentõsen eltér egymástól. Ebben nyugaton végül
Jeromos, a latin fordítás (Vulgata) elkészítõje kerekedik felül a héber szöveg
kárára, többek között szintén Augustinusszal szemben, aki a Szeptuaginta mellett
tört lándzsát. A katolikus egyház(ak) a mai napig nem jutottak egységre abban,
hogy mi a Biblia, hiszen keleten (az ortodox katolikus egyházak) továbbra is a
Szeptuagintát, míg nyugaton (római katolicizmus) a héber szöveg alapján készült
latin Vulgátát tekintik az Ószövetségnek.
Ezzel szinte egy idõben vette kezdetét Mária különleges tisztelete, amely a
Mária-dogmák sorát eredményezte, egészen Mária mennybemenete-
lének dogmává (kötelezõ hittétellé) válásáig (1950-ben). Ezeket kezdettõl fogva
mindmáig keresztények milliói vitatják és tartják elfogadhatatlannak. Hasonló
megosztottságot eredményezett a képtisztelet bevezetése, amely már jóval a
protestantizmus megjelenése elõtt, a 8-9. században kiváltotta az egész Európára
kiterjedõ képromboló mozgalmat, mivel a képek kultuszát keresztény közösségek
tömegei összeegyeztethetetlennek tartották a Tízparancsolattal. Bár akkor a
katolikus egyház felülkerekedett a mozgalmon, ugyanez a kérdés néhány századdal
késõbb ismét felbukkant, és immár azóta is húzódó megosztottsághoz vezetett:
protestáns hívõk milliói utasítják el a képtiszteletet.
1054-ben az addig egységes katolikus egyház is máig tartóan kettészakadt a
pápaság szintén vitatott intézménye miatt. A keleti ortodox egyházak, jóllehet
hagyományukat tekintve is ugyanolyan régiek, sõt régebbiek, mint a római egyház,
nem fogadják el a római pápa primátusáról szóló tanítást. A pápa pár évvel
ezelõtti görögországi látogatásakor az ortodox katolikusok „Antikrisztus”
feliratú táblákkal tüntettek ellene. Hasonlóképp elutasítja a pápát mint az
egyház vezetõjét, „Krisztus földi helytartóját” a protestáns keresztények
valamennyi közössége.
A reformáció óta a keresztények jelentõs része revízió alá vonta a római
katolikus tanítások, dogmák és hagyomány teljes rendszerét, és számos más ponton
is a Biblia eredeti felfogásával ellentétesnek találta. Az elhunyt szentek és
ereklyéik kultuszáról, a kereszténység elõtti ünnepek, helyi istenségek, népi
vallási rítusok, mágikus gyakorlatok katolikus „megkeresztelésérõl” a világi
történettudomány is kimutatta, hogy ezzel valójában a pogányság kulturális és
vallási integrációja történt meg a kereszténységbe, ami radikálisan ellentétes a
bibliai szöveg eredeti intencióival és keresztények millióinak szilárd
meggyõzõdésével egyaránt.